Los controles de usuario (esos ficheritos .ascx) son controles que nos creamos nosotros mismo, perfecto complemento de los controles Web que nos provee ASP.NET.
Son como plantillas que podremos ubicar en tantos sitios de nuestra Web como queramos, de forma que todo queda centralizado, y cualquier cambio en nuestro fichero .ascx se verá reflejado allá donde lo hayamos ubicado.
Realmente es más difícil explicar lo que es que el utilizarlo 
Y como siempre un ejemplo vale más de mil palabras, pongamos uno:
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